Základná škola Varhaňovce bola zriadená obcou Varhaňovce dňa 31. 12. 2001. S účinnosťou od 1. 7. 2002 prešla zriaďovateľská funkcia Základná škola Varhaňovce na Obec Varhaňovce. Škola nemá právnu subjektivitu a je neplnoorganizovaná.

Hlavné ciele výchovy a vzdelávania našej školy vyplývajú zo zamerania školy, ktoré vychádzajú z požiadaviek zriaďovateľa a rodičov.

Základnú školu v školskom roku navštevuje 121 žiakov, ktorí sú rozdelení do 9 tried. 

Dňa 1. 9. 2022 vznikla spojením materskej školy a základnej školy nová škola s názvom Základná škola s materskou školou Varhaňovce. Nový subjekt nadobudol  právnu subjektivitu. V tomto roku navštevovalo základnú školu 102 žiakov a materskú školu 66 detí.